Helse Sunnmøre HF er organisert under Helse Midt-Norge RHF. Helse Midt-Norge er eitt av fire regionale helseføretak i Norge. Staten ved Helse- og omsorgsdepartementet er eigar av dei regionale helseføretaka.
Verksemda til Helse Sunnmøre er fordelt mellom Ålesund sjukehus og Volda sjukehus pluss fleire mindre institusjonar. Det er stor geografisk spreiing av institusjonane i føretaket. Administrasjonsadressa til Helse Sunnmøre er lokalisert til Ålesund sjukehus.
1. januar 2010 vart det innført ny organisering av dei kliniske avdelingane i Helse Sunnmøre, med nyoppretta klinikkar.
Organisasjonskart for Helse Sunnmøre HF (pdf)